La PNI clinique envisage les interactions entre les différents systèmes corporels : psychologiques, nerveux, immunitaire et endocrinien, prenant en compte tout le contexte du patient. On évite les étiquètes qui peuvent chronifier les symptômes du patient et moyennant un interrogatoire clinique exhaustif on cherche les mécanismes physiopathologiques qui l’ont amené jusqu'à la symptomatologie actuelle.
Les principaux outils utilisés seront : l’apprentissage profond, les recommandations nutritionnelles, la supplémentation, la prescription d’activité physique, la régulation des biorythmes, la gestion du système nerveux. Le plus important est d’amener le patient à gérer sa propre santé, connaissant les causes qui ont abouti à la spirale de symptômes qui l’empêchent de mener une vie normale et à introduire consciemment les changements nécessaires dans son style de vie.